Болничната аптека на „МБАЛ-Самоков” ЕООД осъществява дейности по снабдяване на лечебното заведение с лекарствени продукти, медицински изделия и дезинфектанти. Работата е организирана съобразно ЗЛАХМ, последващите го наредби и заповедите на Управителя на „МБАЛ-Самоков” ЕООД.

От 2007г. в болницата беше въведена информационна система „Гама стор”, която позволява по електронен път да бъдат изписвани лекарствените продукти от отделенията за всеки пациент под формата на електронна заявка.

В болничната аптека работят един магистър-фармацевт и един помощник-фармацевт.